藿香正气丸和胶囊的主要区别在于剂型和服用方式。藿香正气丸是一种传统的中药丸剂，采用藿香等药材制成，通常是以丸剂形式出现，需要口服，常见的剂量是每次6-9克。而藿香正气胶囊则是将相同的中药成分以胶囊形式包裹，方便服用，一般每次服用3-6粒。

藿香正气丸和胶囊在成分和功效上基本相同，主要用于治疗脾胃虚弱、消化不良、胃肠功能紊乱等问题，具有理气和胃、止呕和宁心安神的作用。选择服用哪种剂型，可以根据个人的习惯和实际情况来决定，如对药物剂型敏感的人可以选择胶囊，而习惯口服丸剂的人则可以选择丸剂。