公孔雀鱼是雌雄异体生物，即一条鱼同时具有雌性和雄性生殖器官。它们的生殖器官位于身体的后部，雌性生殖器官称为卵巢，雄性生殖器官称为睾丸。在交配时，公孔雀鱼可以选择是扮演雌性角色还是雄性角色，从而完成交配行为。若选择扮演雄性角色，它们会释放精子，而若选择扮演雌性角色，则会接受其他鱼的精子。这种雌雄同体的特殊生殖器官结构使得公孔雀鱼具有灵活的交配方式，能够适应不同的繁殖环境和情境。