头孢曲松可能的副作用包括头痛、恶心、呕吐、腹泻、皮疹、过敏反应（如荨麻疹、皮疹、药物热、重度过敏性反应），以及消化道不适。少见的副作用包括肝功能异常、肾功能异常、白细胞减少、血小板减少、嗜酸性粒细胞增多、过敏性休克和厌氧性肠道菌感染。极少数情况下可能出现严重的副作用，如严重皮肤反应、药物性肝损伤、血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血、急性肾小管坏死等。使用头孢曲松时应密切监测患者的反应，并在出现严重副作用时立即就医。