连花清瘟胶囊作为一种中药治疗新型冠状病毒感染的药物，可能会有一些副作用，包括但不限于：

1. 胃肠道不适：可能出现恶心、呕吐、腹泻等消化系统不适症状。
2. 过敏反应：个别患者可能对其中的成分产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、皮疹等过敏症状。
3. 肝肾功能异常：长期大剂量使用可能对肝肾功能产生一定影响，需谨慎使用并定期监测相关指标。

在使用连花清瘟胶囊时，应遵循医生的建议，按照正确的剂量和用法使用，避免自行增减剂量或长期连续使用。如果出现严重的不良反应或过敏症状，应立即停止药物并就医。