生殖器小疙瘩的治疗应根据疙瘩的性质和原因而定。如果是由于性病引起的，如生殖器疱疹或尖锐湿疣，建议就医寻求专业治疗。对于性病，医生通常会开具抗病毒药物或局部药膏，以及建议必要的生活方式改变和防护措施。如果是因为毛囊炎或阴囊囊肿等非性病原因引起的小疙瘩，通常可以通过保持局部清洁、避免刺激、穿宽松透气的内裤等方法进行管理。对于囊肿等情况，如有症状严重或不适，可就医咨询是否需要手术干预。针对生殖器小疙瘩的治疗应在医生指导下进行，避免自行处理或使用未经专业建议的药物。