小便时阴茎疼痛可能由多种因素引起，包括但不限于以下情况：

1. 尿道感染：尿道炎、尿道结石、尿道狭窄等病变可导致尿道炎症，引起尿道疼痛。
2. 泌尿系统感染：泌尿道感染如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等可导致尿道和阴茎疼痛。
3. 性传播感染：性传播疾病如淋病、梅毒等可导致尿道和阴茎疼痛。
4. 尿道损伤：尿道受伤或刺激，如使用异物插入尿道、过度清洁等，可能引起疼痛。
5. 尿路结石：尿路结石刺激尿道和尿路组织，导致疼痛感。
6. 前列腺问题：如前列腺炎等疾病可导致尿道及阴茎疼痛。

以上仅列举了一些可能导致小便时阴茎疼痛的原因，具体症状和诊断需要进一步的医学评估和检查。建议及时就医，以获取专业的诊断和治疗建议。