男性小便时疼痛可能是由多种原因引起的。常见的原因包括尿道感染、尿道炎症、性传播感染（如淋病、非淋菌性尿道炎）、前列腺炎、尿道结石等。这些情况可能导致尿道受到刺激或感染，引起疼痛和不适。男性在尿道周围的皮肤病变、外伤或过度清洁等因素也可能导致小便时的疼痛感。建议患者及时就医，进行相关检查和诊断，以确定具体的病因，并接受相应的治疗。及时治疗可以有效缓解症状，并预防病情进一步恶化。