阴茎根部疼痛和阴茎流浓可能是由多种因素引起的，包括但不限于性传播感染、尿道感染、尿道结石、尿道狭窄、尿道炎症、阴茎炎症等。建议尽快就医，由专业医生进行身体检查和相应的检测，以明确诊断。可能的治疗方案包括抗生素治疗、抗炎药物、尿道扩张术等，具体治疗方案需根据诊断结果和医生建议确定。保持良好的个人卫生习惯，避免性行为以及与性传播感染有关的行为，有助于减少症状的恶化和再次感染的风险。