小便时阴茎疼痛可能是由多种因素引起的。常见原因包括尿路感染、性传播感染、尿道炎症、尿道结石或尿道损伤等。尿路感染是最常见的原因之一，通常由细菌引起，如大肠埃希菌。性传播感染，如淋病或生殖器疱疹，也可能导致阴茎疼痛。尿道炎症可能由过度清洁、过度使用化学物质或过敏反应引起。尿道结石或尿道损伤通常会导致尿道内阻塞或刺激，引起疼痛。由于疼痛可能是多种潜在问题的表现，建议及时就医进行详细检查和诊断，以确定准确的诊断并获得合适的治疗方案。