男性生殖器痒有小疙瘩可能是由多种原因引起的。常见原因包括湿疹、性病（如生殖器疱疹、生殖器疣等）、皮肤感染（如真菌感染、细菌感染）、过敏反应或接触性皮炎等。建议尽快就医，由专业医生进行详细的检查和诊断。医生可能会采取不同的检查方法，例如皮肤检查、血液检查或培养等，以确定病因。治疗方法将根据具体病因而定，可能包括局部药物治疗、口服药物治疗或其他治疗方法。避免自行用药或延迟就医，以免病情加重或传播给他人。