治疗阴茎短小的费用因治疗方式、地区和医疗机构的不同而有所差异。一般而言，非手术治疗如药物疗法可能较为经济，费用可能在数百至数千元人民币不等。手术治疗则可能费用较高，包括手术费、麻醉费、住院费等，费用范围可能在数千至数万元不等。医疗机构的级别和地理位置也会对费用产生影响，大城市的高端医疗机构费用可能较高。建议患者在选择治疗方式和医疗机构时，综合考虑费用、效果、风险等因素，同时咨询专业医生的建议。