克林霉素磷酸酯注射剂可能引起一些副作用。常见的副作用包括但不限于注射部位疼痛、注射部位肿胀、局部红肿、注射部位坏死、过敏反应（如荨麻疹、皮疹、瘙痒）、注射部位硬结、皮肤坏死、注射部位血肿、静脉炎症、局部坏死、注射部位渗出液、过敏性休克等。罕见的副作用可能包括呼吸困难、喉头水肿、严重的皮肤反应（如剥脱性皮炎）、肝功能异常、肾功能异常、血小板减少、贫血、白细胞减少等。克林霉素磷酸酯注射剂还可能引起超敏反应，包括中毒性表皮坏死松解症（TEN）和斑疹性荨麻疹。任何疑似与药物使用相关的不良反应都应及时报告给医生。