上小便时龟头疼痛可能是由多种原因引起的。常见原因包括尿道炎、尿道结石、性传播感染（如淋病、梅毒）、尿道损伤或刺激等。尿道炎通常由细菌感染引起，可能导致尿道黏膜发炎和疼痛。尿道结石是尿道中的结石，可能在尿道内移动时引起疼痛。性传播感染会导致龟头疼痛，同时伴随其他症状如尿道分泌物增多、尿频等。尿道损伤或刺激可能由于过度摩擦、异物刺入或化学刺激等引起。建议及时就医，医生会通过病史询问、体格检查和必要的实验室检查来确定病因，并采取相应的治疗措施，如抗生素治疗、抗炎药物或其他适当的治疗方法。