肌肉在收缩时会发生长度缩短的现象是基于肌肉生理学的原理。这一过程主要涉及肌肉中的肌原纤维。肌原纤维是肌肉的基本结构单元，由多个肌节组成。当肌肉收到神经冲动时，神经系统会释放神经递质，刺激肌原纤维收缩。在肌原纤维内部，肌动蛋白和肌球蛋白是两种重要的蛋白质，它们通过交替结合和解离来引起肌肉收缩和舒张。当神经冲动到达肌原纤维后，钙离子会被释放，与肌动蛋白结合，使其与肌球蛋白结合并移位，最终导致肌肉收缩。这一过程中，肌原纤维的长度会发生变化，导致整个肌肉组织的长度缩短。因此，肌肉在收缩时，肌肉长度缩短是基于肌原纤维内部蛋白质的结合和移位引起的生理现象。