阴茎内隐隐痛可能源自多种可能性，包括但不限于以下几种情况：

1. 前列腺炎或尿道炎：这些炎症可能导致阴茎内部不适感，伴随尿频、尿急等症状。

2. 尿道结石：尿道内的结石可能引起阴茎疼痛，尤其是在尿道通路受到阻塞或刺激时。

3. 性传播感染：某些性传播感染，如淋病、梅毒等，可能引起阴茎内疼痛感。

4. 阴茎损伤：在性活动中或其他活动中造成的阴茎损伤可能导致疼痛。

5. 神经病变：某些神经病变或神经系统疾病可能引起阴茎内部的疼痛感。

最准确的诊断需要专业医生进行详细的身体检查和相关检测。如果出现阴茎内隐隐痛的症状，建议尽快就医，以获取正确的诊断和治疗。