阴茎隐隐作痛可能是由多种原因引起的，包括但不限于以下几点：

1. 生殖器感染：例如尿道炎、生殖器疱疹等。
2. 尿路感染：如尿路结石或膀胱炎等。
3. 性传播感染：例如淋病、梅毒等。
4. 阴茎损伤：可能是性行为时造成的摩擦或撞击所致。
5. 尿道炎症：可能由于尿道炎症导致的尿道粘膜受损引起不适感。

建议及时就医，由专业医生进行详细检查和诊断，以确定症状的具体原因，并采取适当的治疗措施。