小便阴茎疼痛可能是由多种病因引起的症状，包括但不限于尿道炎、前列腺炎、性传播感染（如淋病、非淋菌性尿道炎等）、尿路结石、尿道损伤等。要确定具体的病因，需要进行详细的医疗评估，包括症状询问、体格检查以及必要的实验室检查，如尿液分析、尿培养、性传播疾病检测等。建议及时就医，由专业医生进行评估和诊断，以获取正确的诊断和治疗方案。避免自行使用抗生素或其他药物，以免延误病情和加重症状。