阴茎内痛可能由多种原因引起，主要包括以下几个方面：

1. 感染：常见的尿道炎、前列腺炎或性传播感染（如淋病、衣原体感染）可导致阴茎内痛。这些感染通常伴有排尿困难、分泌物增多或排尿时烧灼感等症状。

2. 尿路结石：尿路中的结石通过尿道时可能会引起剧烈疼痛，通常伴有血尿和排尿困难。

3. 外伤：阴茎或尿道的外伤，例如性生活过程中受到创伤、医疗操作（如插尿管）或运动损伤，可能导致疼痛。

4. 慢性盆腔疼痛综合症：这是一种非细菌性的慢性前列腺炎，通常表现为持续或间歇性的盆腔区域疼痛，包括阴茎内痛。

5. 包皮龟头炎：包皮过长或不洁可能导致包皮龟头炎，进而引起疼痛。

6. 神经源性疼痛：某些神经系统疾病或神经损伤也可能导致阴茎内的疼痛。

治疗方法因病因而异：

1. 抗生素治疗：针对细菌感染，如尿道炎、前列腺炎和性传播感染，医生通常会开具抗生素。

2. 止痛药和消炎药：用于缓解由外伤或尿路结石引起的疼痛和炎症。

3. 手术：在尿路结石较大或无法自然排出的情况下，可能需要通过手术移除。

4. 局部治疗：包皮龟头炎可以通过局部应用抗生素或抗真菌药物治疗。

5. 物理治疗和心理咨询：慢性盆腔疼痛综合症可能需要综合的治疗策略，包括物理治疗、心理咨询和药物治疗。

6. 改善生活习惯：保持良好的个人卫生习惯，避免不安全性行为，定期进行体检，有助于预防和早期发现问题。

如出现阴茎内痛，建议及时就医，以便获得专业的诊断和治疗。