复方消化酶胶囊的疗程持续时间因个体差异和治疗目的而异。一般建议在医生的指导下使用，按照产品说明书或医生建议的剂量和时长使用。根据一般指导，一个疗程通常为2至4周，但在某些情况下，可能需要更长时间。疗程结束后，应根据个人情况评估治疗效果，并在医生的指导下决定是否需要继续使用或调整剂量。应密切关注任何不良反应或过敏症状，并及时咨询医生。消化酶胶囊的使用应当遵循医嘱，因此最佳疗程长度会因个人情况和医生建议而异。