龟头炎患者在使用铍药师软膏后，发现龟头有部分区域颜色变黑，这可能是多种原因引起的。铍药师软膏中含有的药物成分可能会导致局部皮肤色素沉着，特别是在使用过程中如果出现刺激或过敏反应，会导致皮肤变色。龟头炎本身可能会导致皮肤颜色变化，尤其是长期炎症可能导致色素沉积。

需要注意的是，药物引起的皮肤颜色变化通常是暂时性的，一旦停止使用药物或炎症得到控制，皮肤颜色可能会逐渐恢复。如果颜色变化伴随其他症状如疼痛、溃疡、渗出物增加等，应及时就医。医生可以通过检查判断是否需要调整治疗方案或更换药物。

为了更好地管理这种情况，建议患者严格按照医生的指示使用药物，不随意增减药量或频率。保持良好的卫生习惯，避免局部刺激，定期复诊，以便医生可以根据病情变化调整治疗方案。龟头颜色变化虽然可能与药物使用有关，但具体原因需要通过专业医生的诊断来确定，并根据诊断结果采取适当的治疗措施。