阴茎根部两端上部疼痛可能由多种原因引起，包括但不限于以下几种可能性：

1. 阴茎炎症：阴茎周围的组织发生炎症，可能由感染、过度摩擦或过敏等引起。

2. 尿道炎：尿道感染或炎症可导致阴茎根部疼痛，常伴有尿频、尿急等症状。

3. 前列腺炎：前列腺感染或炎症可引起阴茎根部疼痛，并可能伴有射精疼痛等症状。

4. 阴囊炎：阴囊组织的感染或炎症也可导致阴茎根部疼痛，常伴有红肿、瘙痒等症状。

5. 性传播感染：某些性传播感染如淋病、梅毒等也可能引起阴茎根部疼痛。

若出现阴茎根部疼痛，请及时就医进行详细检查和诊断，以明确病因并接受相应的治疗。避免自行用药或延迟就医，以免延误病情。