肾囊肿壁厚3.5厘米的治疗方法取决于多种因素，包括囊肿的大小、症状的严重程度以及患者的整体健康状况。一般而言，小囊肿通常不需要治疗，而是进行定期监测。对于症状较为明显或囊肿较大的患者，治疗选择可能包括以下几种：

1. 药物治疗：常用于缓解疼痛和控制症状。例如，非甾体抗炎药可能有助于减轻疼痛和不适感。

2. 减压或排液：对于大型囊肿，医生可能会建议进行穿刺减压或囊液排出，以减轻症状和压力。

3. 外科手术：在某些情况下，特别是囊肿引发严重症状或合并其他并发症时，可能需要进行手术治疗，包括囊肿剔除或部分肾切除。

治疗方案需由专业医生根据个体情况评估后制定。患者应遵循医生的建议，并定期进行复查以监测囊肿的变化和治疗效果。