治疗肾功能不全并发泌尿系感染的方法包括：

1. 抗生素治疗：根据药敏试验结果选择合适的抗生素，如头孢呋辛、氟喹诺酮类等。

2. 对症治疗：根据患者的具体症状，可采取镇痛、退热等对症处理。

3. 保持水电解质平衡：合理补液、控制水分摄入，防止肾功能不全加重。

4. 确保足够休息：减少体力活动，有助于提高免疫力，促进康复。

5. 注意饮食：避免高蛋白饮食，限制钠盐摄入，有助于减轻肾脏负担。

6. 定期监测：密切监测患者的肾功能、病情变化及抗生素疗效，及时调整治疗方案。

7. 注意个人卫生：保持私密部位清洁干燥，预防感染的再次发生。

8. 预防并发症：如贫血、高血压等，积极预防并及时干预。