男人生理器官疼痛可能是由多种因素引起的，包括但不限于感染、创伤、结石、肿瘤等。治疗方法取决于疼痛的具体原因。一般情况下，可以通过以下方式进行治疗：

1. 确定疼痛原因：首先需要进行全面的身体检查，可能包括体格检查、实验室检查和影像学检查等，以确定引起疼痛的具体原因。

2. 根据原因选择治疗方法：治疗方法可能包括药物治疗、手术治疗、物理疗法等。例如，如果是由细菌感染引起的，可能需要使用抗生素治疗；如果是由结石引起的，可能需要手术去除结石。

3. 注意休息和饮食：在治疗期间，男性应该注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时保持饮食清淡，避免刺激性食物。

4. 遵循医生建议：在治疗期间，男性应该密切遵循医生的建议和处方，定期复诊，及时调整治疗方案。

治疗男人生理器官疼痛需要根据具体情况采取相应的治疗措施，建议及时就医并遵循医生的指导进行治疗。