当两个肾脏都有囊肿时，首先需要确定囊肿的性质和大小。肾囊肿分为简单性囊肿和复杂性囊肿。简单性囊肿通常是良性的，且不会对肾功能造成明显影响，多数情况下不需要治疗，只需定期进行影像学检查，观察其变化。如果囊肿较大，或伴有症状，如腰痛、血尿、高血压等，可能需要进行治疗。

复杂性囊肿可能具有恶性潜能，或会影响肾功能，需进一步诊断。常见的诊断方法包括超声、CT扫描和核磁共振成像（MRI）。在明确囊肿的性质后，医生会制定相应的治疗方案。

对于简单性囊肿，常见的治疗方法包括：

1. 穿刺抽液：在影像引导下，用针穿刺囊肿，抽取囊液，缓解症状。
2. 硬化治疗：在抽液后注入硬化剂，使囊壁萎缩，防止囊液再生。

对于复杂性囊肿，或怀疑有恶性潜能的囊肿，可能需要手术切除。手术方式包括：

1. 腹腔镜手术：微创手术，损伤小，恢复快。
2. 开放手术：适用于囊肿较大，或与周围组织关系复杂的情况。

两个肾脏都有囊肿需要根据具体情况进行个体化处理，建议在专业医生的指导下进行详细检查和相应治疗。定期随访和监测囊肿变化也是管理肾囊肿的重要环节。