勃起时感到轻微疼痛可能是由多种因素引起的，包括但不限于以下几点：

1. 性生活过度或自慰过程中的刺激过度：过度刺激可导致阴茎组织的炎症或损伤，引起疼痛感。

2. 阴茎周围组织的感染：阴茎周围的皮肤或组织可能受到感染，例如龟头炎或包皮炎等，导致勃起时出现疼痛感。

3. 性传播感染：某些性传播感染如生殖器疱疹、淋病等，可能导致阴茎疼痛和不适。

4. 阴茎异常生长或结构异常：例如勃起疼痛可能与生殖器结石、海绵体纤维化等有关。

5. 其他健康问题：如阴茎勃起疼痛可能与前列腺炎、尿道炎等泌尿系统问题相关。

建议及时就医，由医生进行详细检查和诊断，以确定病因并制定相应的治疗方案。