龟头炎擦了红霉素软膏有点疼的原因可能有以下几种：

1. 药物刺激：红霉素软膏中含有一些化学成分，可能会对皮肤产生刺激，尤其是龟头这种敏感部位。如果在使用后感觉疼痛，可能是对这些成分产生了反应。

2. 感染未完全控制：龟头炎本身可能引起疼痛和不适。在使用红霉素软膏期间，感染可能尚未完全得到控制，因此仍然会有疼痛感。

3. 过敏反应：一些人可能对红霉素或其辅料过敏，导致在使用时出现疼痛、发红或其他不适症状。

4. 机械性刺激：在涂抹软膏时，如果手法不当或者使用了较大的力度，可能会对患处造成机械性刺激，从而引发疼痛。

建议在出现上述情况时，采取以下措施：

• 停用观察：先停止使用红霉素软膏，观察疼痛是否有所缓解。如果疼痛减轻，可能是由软膏引起的刺激或过敏。
• 咨询医生：如果疼痛持续或加重，应及时咨询医生，明确是否需要更换药物或调整治疗方案。医生可以根据具体情况提供合适的替代药物或进一步的治疗建议。
• 避免刺激：在治疗期间，应注意保持患处清洁和干燥，避免使用其他可能引起刺激的物品（如香皂、洗液等）。

龟头炎使用红霉素软膏后出现疼痛并非正常现象，应予以重视并寻求专业医疗建议。