对于男性衣原体阳性的治疗，主要方法包括：

1. 抗生素治疗：通常使用口服抗生素，如阿奇霉素、多西环素等，一般持续1-2周。
2. 避免性行为：在治疗期间，应避免性行为，以免传播给他人或导致复发。
3. 定期复查：治疗结束后，需要进行定期复查，确保病原体已清除，避免再次感染或复发。
4. 与性伴侣一同治疗：如确诊感染，建议性伴侣也接受治疗，以防相互传染或反复感染。

需要注意的是，治疗过程中应遵医嘱完成整个疗程，不要自行停药或更改药物剂量，以免影响疗效或导致耐药性产生。如有任何不适或疑问，应及时向医生咨询并接受指导。