男性尿液不干净并带有余尿的原因可能包括以下几个方面：

1. 前列腺问题：前列腺增生、炎症或感染可能导致尿液不干净和残余尿的情况。这可能会阻碍尿液的正常排出，导致残余尿液残留在尿道中。

2. 尿道狭窄：尿道狭窄可能会导致尿液排出不畅，增加了残余尿的可能性。

3. 膀胱问题：膀胱肌肉功能障碍、神经系统问题或者膀胱炎症等情况可能影响膀胱的排空，导致尿液残留。

4. 糖尿病：糖尿病可能会导致神经系统损伤，进而影响膀胱的正常排空，造成尿液残留。

5. 药物副作用：某些药物可能会导致尿液不干净和残余尿，如利尿剂或抗精神病药物等。

请注意，针对个体情况的确切诊断需要进行医学检查和专业意见。如果存在持续的尿液问题，建议及时就医咨询。