三岁小孩拉尿痛可能由多种原因引起，主要包括以下几方面：

1. 尿路感染（UTI）：这是小孩拉尿痛最常见的原因之一。尿路感染通常由细菌引起，会导致尿频、尿急和尿痛，甚至可能伴随发热。女童由于尿道较短，更容易发生尿路感染。

2. 外阴炎或包皮炎：女童可能会因外阴炎导致尿痛，男童则可能因包皮炎导致。炎症通常由不良的卫生习惯、过敏或感染引起，表现为局部红肿、疼痛和分泌物。

3. 泌尿系结石：尽管在小孩中相对少见，但泌尿系结石仍可能引起尿痛。这些结石可能导致尿流阻塞，进而引发疼痛和血尿。

4. 尿道损伤或刺激：如外伤或长时间使用纸尿裤，可能会导致尿道口周围的皮肤和粘膜受损，引起疼痛和不适。

5. 过敏反应：某些清洁剂、泡泡浴液或洗衣液可能导致尿道口周围皮肤的过敏反应，进而引发疼痛。

为了确定确切原因，建议家长带孩子及时就医，医生会根据症状进行体格检查和必要的实验室检查（如尿常规和尿培养）以确定诊断，并给予相应的治疗。平时应注意儿童的个人卫生，避免使用刺激性强的清洁用品，并确保孩子多喝水以保持尿路畅通。