普鲁卡因和利多卡因是两种常用的局部麻醉剂，但它们在化学结构、作用机制和临床应用上存在显著差异。

化学结构方面，普鲁卡因属于酯类局部麻醉剂，而利多卡因属于酰胺类局部麻醉剂。这种结构差异导致它们在体内代谢方式上有所不同。普鲁卡因主要在血液中通过血浆胆碱酯酶快速水解，而利多卡因则在肝脏中通过酶促反应代谢，代谢速度相对较慢。

作用时间和效力上，利多卡因的起效时间更短，麻醉作用更强且持续时间更长。普鲁卡因起效较慢，作用时间较短，通常用于短时手术或诊断程序。

在临床应用方面，利多卡因因其效力强、起效快、维持时间长，广泛用于各种类型的局部麻醉，包括浸润麻醉、神经阻滞麻醉和硬膜外麻醉等。普鲁卡因则因其作用较温和，多用于对麻醉深度要求不高的情况，如短时间的外科手术或作为某些药物的佐剂使用。

利多卡因较普鲁卡因更少引起过敏反应，因其酰胺结构较不易引发免疫系统的过敏反应，而普鲁卡因的酯类结构则较易引发这种问题。因此，在对麻醉剂有过敏史的患者中，更倾向使用利多卡因。

普鲁卡因和利多卡因在化学结构、代谢途径、作用时间及临床应用上都有明显的区别，根据具体的临床需求选择适当的麻醉剂是至关重要的。