运动后肌肉酸痛的原因主要是由于延迟性肌肉酸痛（DOMS）。DOMS通常在剧烈运动后12至24小时开始出现，并在24至72小时内达到峰值。这种酸痛感通常发生在进行不常进行或高强度的运动后，尤其是涉及离心收缩的运动，例如跑步下坡或举重时的放下动作。

DOMS的具体原因尚未完全明确，但主要认为是由于肌肉纤维和周围结缔组织在运动中受到微小损伤。当肌肉受损后，身体会启动修复过程，这一过程涉及炎症反应和各种化学物质的释放，如乳酸、钙离子等。这些物质会刺激神经末梢，导致疼痛和不适感。

肌肉酸痛与乳酸积累有关的传统观点已被修正。乳酸确实在剧烈运动中产生，但它在运动结束后迅速被清除，不是引起延迟性肌肉酸痛的主要原因。

为了缓解DOMS，建议进行适当的拉伸、轻度的有氧运动、按摩和使用冰敷等方法。保持规律的锻炼也可以帮助身体适应不同强度的运动，从而减少酸痛的发生频率和强度。