肾脏在胚胎发育阶段对阴茎的影响主要是通过两个方面：一是肾脏的胚胎起源，二是肾脏对睾丸的影响。

阴茎和肾脏在发育过程中具有相似的胚胎起源，都源自中胚层。这意味着在某些发育异常情况下，可能会导致阴茎和肾脏发育的相关问题。

肾脏对睾丸的影响也会间接影响到阴茎的发育。在胚胎发育过程中，睾丸的发育受到肾脏的影响，而睾丸则是雄性激素的主要产生地之一，雄性激素对阴茎的发育至关重要。

肾脏对阴茎的发育有一定影响，但具体的影响程度和方式可能受多种因素影响，如遗传因素、环境因素等，具体情况需进一步研究和了解。