女性小便不干净可能由多种原因引起，其中包括：

1. 尿道感染：细菌或其他微生物感染尿道，导致尿液混浊或有异味。
2. 阴道感染：阴道感染可能导致尿道口周围区域不洁净，影响小便排出的清洁度。
3. 尿道结石：尿道结石的存在可能阻碍尿液的顺畅排出，导致尿液残留在尿道中，影响清洁度。
4. 尿失禁：尿失禁可能导致小便无法完全排空，从而造成清洁度问题。
5. 生理因素：例如排尿不及时或排尿姿势不正确也可能导致小便不干净。

建议就诊于医生，通过相关检查确定确切的原因，并根据诊断结果采取相应的治疗措施。