导致阴茎短小的因素包括：

1. 遗传因素：个体的遗传基因可能影响阴茎的大小。

2. 胎儿时期的发育异常：胎儿时期的生长异常或者胎儿发育时期的某些问题可能导致阴茎发育不完全。

3. 某些疾病或疾病治疗：某些疾病（如睾丸问题、性腺问题等）或者治疗（如放疗、手术等）可能影响阴茎的发育和大小。

4. 环境因素：婴儿期至青春期的环境因素可能影响性器官的发育，例如营养不良、药物暴露等。

5. 心理因素：心理压力、焦虑等情绪问题可能影响阴茎的勃起和大小。

以上列举的因素仅为可能导致阴茎短小的一些因素，具体情况因个体而异，建议在医生的指导下进行个体化的评估和处理。