男性龟头根部起小疙瘩可能是多种原因导致的。其中一种可能是霉菌感染，例如念珠菌感染，常表现为龟头周围出现小疙瘩、瘙痒等症状。另一种可能是梅毒的初期症状之一，梅毒是一种性传播疾病，初期可出现龟头附近的红色小疹子。过度清洁或使用刺激性清洁剂也可能导致皮肤反应，形成小疙瘩。建议患者咨询医生进行确诊和治疗，医生可能会进行体格检查、实验室检查等以确定病因，并根据具体情况制定治疗方案，可能包括局部药物治疗或口服药物治疗。及时就诊可以有效缓解症状，并预防病情恶化。