阴茎发育小的原因可能与遗传、激素水平、胎儿发育过程中的异常以及其他医学因素相关。遗传因素可能导致个体在遗传基因层面上对阴茎大小的差异。激素水平在胎儿发育期间对性器官的发育起着至关重要的作用，异常的激素水平可能影响阴茎的发育。胎儿发育过程中的异常，如胎儿睾丸发育不良或其他生殖系统异常，也可能导致阴茎发育不正常。其他医学因素，如某些遗传疾病或环境因素的暴露，也可能对阴茎发育产生影响。具体原因可能因个体而异，需要通过医学检查和评估来确定。