男人肾结石可能在做爱时感到疼痛的原因是因为结石导致尿路梗阻或刺激尿路黏膜。尿路梗阻会导致尿液在排出时受阻，增加了尿路内的压力，而做爱时的性活动可能会进一步增加尿路的压力，从而引起疼痛感。结石在尿路中移动时，可能会刮擦尿路黏膜，也会引起疼痛感。这种疼痛通常表现为下腹部或腰部的剧痛，有时会放射到阴囊或会阴部。建议患者及时就医，通过影像学检查确认结石位置和大小，并根据具体情况选择合适的治疗方法，如药物治疗、尿路扩张术或手术治疗。