男生生殖器肿疼可能由多种原因引起，包括但不限于以下几种：

1. 炎症感染：生殖器部位可能受到细菌、病毒或真菌感染，导致炎症反应，进而引起肿痛。

2. 性传播感染：性传播疾病（STDs）如淋病、梅毒等可能导致生殖器肿疼症状。

3. 输精管结石：输精管内结石形成可能导致阻塞和炎症，引起肿痛。

4. 睾丸扭转：睾丸扭转是一种紧急情况，睾丸旋转并扭曲睾丸的血管，引起严重疼痛和肿胀。

5. 疝气：腹股沟疝气时，腹腔内的组织可能穿过腹壁，导致阴囊肿胀和疼痛。

6. 伤害或外伤：外部撞击、摔倒或运动受伤可能导致生殖器组织损伤和肿胀。

由于生殖器疼痛可能是严重问题的症状，建议及时就医，由专业医生进行详细检查和诊断。