男人检查男科时可能会感到疼痛的原因主要有以下几点：

1. 体位不适：有些男性在检查时可能需要保持特定的体位，这可能会导致一定程度的不适或疼痛感。

2. 身体状况：一些男性可能患有前列腺炎、睾丸炎等疾病，这些疾病可能导致泌尿系统的不适，包括疼痛感。

3. 检查方法：某些男科检查可能需要使用生硬的仪器或手术器械，这些操作可能会带来一定程度的疼痛。

4. 心理因素：对于一些男性来说，接受男科检查可能会带来精神压力或紧张，这可能会导致疼痛感的增加。

男人检查男科时的疼痛感受是因人而异的，有些男性可能会感到较强烈的疼痛，而另一些则可能感觉较轻微。如果疼痛感过于强烈或持续，建议及时就医，寻求专业医生的帮助。