双歧杆菌三联疗程通常用于治疗幽门螺杆菌感染相关的消化道疾病，如胃溃疡和十二指肠溃疡。它可能会引起一些副作用。常见的副作用包括但不限于：

1. 消化系统不适：包括恶心、呕吐、腹泻、腹胀等。
2. 味觉异常：部分患者可能会感觉口苦或口干。
3. 头痛：有些人可能会出现头痛不适。
4. 鼻窦炎：偶尔会出现鼻窦炎症状，如鼻塞、流涕等。

需要注意的是，虽然这些副作用相对较常见，但并非所有人都会经历，并且大多数情况下这些副作用是轻度和暂时的。如果副作用持续或加重，应及时就医。个体对药物的反应因人而异，因此在使用双歧杆菌三联疗程时，应遵循医生的建议并密切关注自身反应。