三九感冒灵颗粒作为一种中成药，其副作用主要集中在消化系统和神经系统方面。常见的副作用包括恶心、呕吐、腹泻等消化不良症状，以及头晕、头痛、失眠等神经系统症状。部分人可能会出现过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红斑、荨麻疹等症状。在使用过程中，建议密切关注个体的身体状况，如出现严重的副作用应立即停药并就医。患有特定疾病或正在服用其他药物的人群应在医生指导下使用，避免药物相互作用和不良反应的发生。