男性生殖器做完手术后疼痛可能由多种原因引起，如手术创口不良愈合、感染、手术操作过程中神经或血管损伤等。疼痛的类型和强度会根据手术类型和个体情况有所不同。建议您密切关注以下几点：

1. 休息和冰敷：手术后适当休息，使用冰袋冷敷疼痛区域可有助于减轻肿胀和疼痛。

2. 遵医嘱用药：医生通常会开具止痛药物或抗生素，按照医嘱服用，切勿自行更改剂量或停止服用。

3. 避免性行为和剧烈运动：手术后一段时间内应避免过度活动或性行为，以免刺激手术区域。

4. 定期复诊：定期复诊是确保手术恢复的重要步骤，医生会检查手术区域的愈合情况并根据需要调整治疗方案。

如果疼痛持续或加重，或伴有其他不适症状（如发热、明显肿胀、排尿困难等），应及时就医，以排除感染或其他并发症的可能性。