复方消化酶胶囊的使用时长因个体差异和症状严重程度而异。通常情况下，建议在医生指导下按照药品说明书的建议使用。根据药品说明书，一般成人每次口服1-2粒，每日3次，饭前或饭后30分钟，如果医生未另有建议。疗程持续时间一般为数周至数月，具体根据个人情况调整。长期使用应在医生的监督下进行，不宜自行延长疗程。过量使用可能会导致消化不良等副作用，应遵循医嘱使用。如有不适或疑问，应及时咨询医生或药师。