生殖器疱疹最佳检查时间主要取决于症状出现的时间以及检测方法的灵敏度。通常情况下，疱疹病毒在感染后约2至12天内会产生症状。最佳检查时间是在出现症状后的2至3天内进行检测。此时，病毒的数量较高，能够提高检测的准确性。常用的检测方法包括病毒培养、聚合酶链反应（PCR）和抗体检测。PCR检测在病毒复制期间最为准确，通常在症状出现后1至5天内进行。抗体检测则需要等到感染后2至3周，因为免疫系统需要时间产生足够的抗体。最佳的检查时间应在出现症状后尽早进行，以确保准确诊断和及时治疗。