治疗阴茎疱疹最佳方法是通过使用抗病毒药物。这些药物包括阿昔洛韦、帕西克韦、或瓦拉西克洛韦等。这些药物可以减轻症状、缩短病程、并减少病毒的传播。患者应在医生的指导下正确使用药物，按照医嘱的剂量和频率进行治疗。保持良好的卫生习惯也是重要的，包括定期清洗患处、避免与他人分享个人物品、以及避免性接触直至痊愈。对于反复发作的情况，医生可能会考虑长期抗病毒治疗来减少复发的频率和严重程度。在治疗期间，患者应密切关注病情变化，并定期复诊以确保治疗效果和健康状况。