男性生殖器小可能由多种因素导致，包括遗传、荷尔蒙水平以及健康状况等。遗传因素是决定生殖器大小的主要原因之一。如果家族历史中男性普遍生殖器较小，这种特征可能会遗传给下一代。

荷尔蒙尤其是睾酮水平，对男性生殖器的发育有重要影响。睾酮水平低通常与生殖器发育不充分相关。睾酮是在胎儿期开始影响生殖器发育的，如果胎儿期或青春期睾酮分泌不足，可能会影响生殖器的正常发育。

某些健康状况也可能影响生殖器的大小，例如荷尔蒙失调症状、内分泌系统疾病、营养不良或某些先天性病状。例如，克兰费尔特综合征等病状会影响生殖器的正常发育。

如果对生殖器的大小有疑虑，建议咨询专业的医疗人员进行全面的健康评估，以确定是否存在需要治疗的健康问题。合理的饮食和规律的运动也有助于维持正常的荷尔蒙水平，从而影响生殖器及整体健康状况。