男生生殖器根部疼痛可能源于多种因素，包括但不限于以下几点：睾丸炎、附睾炎、精索静脉曲张、膀胱炎、尿道炎、性传播感染等。建议立即就医，医生可能会进行体格检查、血液检查、尿液检查等，以明确病因。在等待医疗帮助期间，可以尝试使用冰袋缓解疼痛，并避免过度活动或性行为，以免加重症状。及时就医是关键，因为某些病因如性传播感染可能会导致严重并发症。最终的治疗方案将根据具体病因而定，可能包括药物治疗、手术或其他治疗方式。一旦出现生殖器根部疼痛，切勿自行处理，应及时寻求专业医生的建议和治疗。