抗菌凝胶通常用于消毒和清洁皮肤表面，但在某些情况下可能会引起副作用。常见的副作用包括皮肤过敏反应，如瘙痒、灼热感、皮疹和红肿。长期或频繁使用抗菌凝胶可能会导致皮肤干燥、脱皮和刺激。

某些抗菌剂可能会引起皮肤对抗生素的耐药性，使其对治疗感染失效。因此，使用抗菌凝胶时应注意不要过度使用或长期连续使用。如果出现任何不适反应，应立即停止使用并咨询医生建议。

对于某些人群，如孕妇和儿童，或是对抗菌成分过敏的人，使用抗菌凝胶可能存在更高的风险。在使用之前，应该向医生咨询以获取专业建议。