水飞蓟作为一种草本植物，在一些情况下可能会引起一些副作用。常见的副作用包括胃肠道不适，如恶心、腹泻和消化不良。个别人群可能出现过敏反应，表现为皮肤瘙痒、皮疹或呼吸困难。长期或大剂量使用水飞蓟可能对肝脏产生负面影响，因此肝功能异常的人群应慎用。水飞蓟可能与某些药物发生相互作用，如降血糖药、抗凝血药和某些抗癌药物。在使用水飞蓟之前，最好咨询医生或药剂师的建议，特别是对于正在服用药物或有潜在健康问题的人群。